По одной из версий, оно ведет свое начало от белорусского нарицательного «шам» - «шорох, шелест». Вероятно, Шамайдой прозвали обладателя тихого голоса. Возможно также, что прозвище этимологически связано с диалектным словом «шамая», которое в черноморских говорах имело значение «краснотелая рыба, вроде сельди». В таком случае прозвище Шамайда относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть рыбаком. Согласно еще одной гипотезе, в основе фамилии Шамайда лежит мужское еврейское имя Шамай – «оценщик».