Фамилия Шамекин — редкий случай, когда основа, скорее всего, восходит не к имени, а к прозвищу, связанному с внешностью или характером. В её центре лежит слово «шамка» или «шамня» — в русских говорах так называли человека с невнятной, шепелявой речью, который «шамкает» (говорит неразборчиво, как бы с набитым ртом). Модель образования проста: прозвище Шамка (или Шамя) плюс типичный русский суффикс принадлежности -ин, означающий «сын Шамки» или «из семьи Шамки».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с тюркским именем Шамиль или его краткой формой Шам. Тогда Шамекин могло означать «потомок Шама» (через форму Шамка). Однако против этой гипотезы говорит то, что суффикс -ин в русских фамилиях чаще крепится к прозвищам на -а/-я, чем к усечённым восточным именам. Кроме того, в ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) фамилии от «шамкать» встречаются в ряду однокоренных: Шамков, Шамшов, Шамшин, что подтверждает бытовое, а не именное происхождение.

Географически фамилия Шамекин тяготеет к центральным и северным областям России — там, где диалектное слово «шамка» было в ходу. В южных и казачьих регионах она почти не встречается, что косвенно подтверждает её «речевую» природу: прозвища по дефектам речи давали чаще в оседлых крестьянских общинах, где люди знали друг друга с детства.

Социальный контекст прост: предок носителя фамилии был, скорее всего, крестьянином или посадским человеком, получившим уличное прозвище за манеру говорить. Никакого высокого происхождения или связи с известными родами за этой фамилией не числится, что типично для «говорящих» прозвищных фамилий.