Фамилия Шамонько звучит на украинский или белорусский лад — её выдает суффикс -ко, один из самых распространённых в этих землях. В украинской и белорусской ономастике суффикс -ко (а также -енко, -ук, -юк) часто присоединяли к основе, образуя фамилии от прозвищ, имён или названий профессий. В данном случае основа — «Шамонь», и её происхождение неочевидно, что делает фамилию особенно интересной для разбора.

Скорее всего, в основе лежит прозвище, связанное с глаголом «шамать» — в южнорусских и украинских говорах это слово означало «есть, жевать» (отсюда и «шамать» в смысле «есть»). Тогда Шамоня или Шамонь — это человек, который любит поесть, едок, или, наоборот, тот, кто ходит по чужим столам, попрошайка. Прозвища, образованные от глаголов с помощью суффикса -онь (-оня), типичны для восточнославянской традиции: сравните «бродоня» (бродяга), «гуляка» (от «гулять»). Версия логичная и правдоподобная, поскольку такие бытовые прозвища давали часто.

Есть и другая гипотеза, менее вероятная, но возможная: Шамонь — это вариант имени Шимон (Симеон, Семён) в западнославянской или балтийской передаче. В польском и литовском языках имя Szymon произносится как «Шымон», а в белорусских говорах могло перейти в «Шамон» через аканье (безударное «о» звучит как «а»). Тогда Шамонько — это потомок некоего Шамона, то есть Семёна. Однако в таком случае форма Шамонько встречалась бы чаще в западных регионах, а не в центральной Украине или Беларуси, где преобладала бы форма Семенко или Симоненко.

География фамилии подтверждает её украинско-белорусское происхождение. Шамонько встречается в основном на территории современной Украины (особенно в Черниговской, Полтавской, Сумской областях) и на юге Беларуси. Это типичный ареал фамилий на -ко, которые массово закрепились за казачеством и крестьянством в XVI–XVII веках. Носитель фамилии мог быть потомком реестрового казака или вольного селянина, которому прозвище дали по привычке или внешности.

Таким образом, фамилия Шамонько — это, скорее всего, прозвищная фамилия от слова «шамать», то есть «есть», с уменьшительным или пренебрежительным суффиксом -онь. Предок Шамонько, вероятно, был заметным едоком или, напротив, любителем поживиться за чужой счёт. Версия с именем Семён менее убедительна, но полностью исключать её нельзя, особенно если в семейных преданиях сохранилась память о предке по имени Шамон.