Фамилия Шамоня — редкий случай, когда прозвище почти не изменилось, перейдя в наследственное именование. Она образована напрямую от прозвища Шамоня без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что указывает на её украинское, белорусское или южнорусское происхождение. В этих говорах патронимические фамилии часто оставляли «голыми», без прибавления фамильного форманта.

Основа фамилии — слово «шамоня». В диалектах оно имеет два значения. Первое — «шамоня» или «шамон» означает вялый, медлительный человек, размазня. Второе, более редкое, — «шамкающий», то есть говорящий невнятно, шамкающий. В любом случае, прозвище давалось по заметной манере поведения или речи и не несло оскорбительного оттенка, а было бытовой характеристикой.

Суффикс -я в прозвище Шамоня — характерный для украинской и белорусской антропонимии уменьшительно-ласкательный или, в данном случае, прозвищный. Такие формы часто возникали в крестьянской среде, где человека называли не по отцу, а по его собственному яркому качеству. Фамилия Шамоня, таким образом, закрепилась за потомками человека, которого в округе знали как Шамоню.

Встречается фамилия в западных областях России, а также в Беларуси и на Украине — там, где была распространена модель «прозвище без суффикса». В центральных и северных русских губерниях такая фамилия скорее всего приобрела бы окончание -ин (Шамонин) или -ов (Шамонов), но вариант Шамоня сохранил первоначальную диалектную форму. Сравните с однокоренными фамилиями Шамонькин, Шамонтьев — все они восходят к одному корню, но разошлись по разным словообразовательным моделям.