Фамилия Шамутдинова — женская форма мужской фамилии Шамутдинов, и её разумнее рассматривать через мужской вариант. Это типичная фамилия тюркского происхождения, образованная по русской модели с патронимическим суффиксом -ов. В основе лежит арабское имя Шамутдин, которое представляет собой народную или диалектную переделку классического арабского имени Шамсуддин (Shams al-Din) — «солнце веры». Имя Шамсуддин широко распространено у многих мусульманских народов, а его форма Шамутдин встречается в татарской, башкирской и кавказской среде, где произошла типичная замена конечного -с на -т под влиянием местных говоров.

Основа Шамутдин- плюс суффикс -ов дают значение «потомок Шамутдина». Фамилия не указывает напрямую на сословие или профессию предка — она говорит лишь о том, что родоначальник носил это имя. Однако географически фамилия Шамутдиновы наиболее характерны для татар и башкир, а также встречается у представителей народов Дагестана. В русской среде она редка и почти всегда указывает на смешанные браки или миграцию.

Интересная деталь: в отличие от более частых Шамсутдиновых или Шамсуддиновых, форма Шамутдинов фиксирует не книжное, а живое произношение имени. Это говорит о том, что предки носителей фамилии, скорее всего, не принадлежали к высшему духовенству или образованной элите, где предпочитали классическое арабское звучание, а были простыми людьми — крестьянами, ремесленниками или торговцами, которые передавали имя так, как слышали в быту. Фамилия сохранила этот устный след, что делает её ценным свидетельством народной фонетики.