Фамилия Шапхаева — женская форма фамилии Шапхаев, и её происхождение напрямую связано с этническим и географическим контекстом. В отличие от множества русских фамилий, образованных от крестильных имён или профессий, эта фамилия имеет тюркские или кавказские корни. Скорее всего, она происходит от мужского личного имени Шапхай, которое до сих пор встречается у ряда народов Северного Кавказа (например, у кумыков или ногайцев) и тюркских групп.

Основа имени Шапхай может быть разобрана по-разному. Самая вероятная версия: оно состоит из двух частей — «шап» (в тюркских языках может означать «быстрый», «резвый» или восходить к глаголу со значением «ударять») и суффикса «-хай», который в тюркских именах часто придаёт ласкательный или уменьшительный оттенок. Таким образом, Шапхай — это, возможно, «резвый» или «бойкий» человек, прозвище, данное за характер. Менее распространённая гипотеза связывает имя с арабским корнем, но фонетически она слабее.

Суффикс «-ев» в фамилии Шапхаев — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность («чей?» — Шапхаев, то есть сын Шапхая). Это говорит о том, что фамилия оформлялась уже в русской языковой среде, когда носители имени Шапхай попали в зону действия русской административной системы. Географически фамилия Шапхаева (и Шапхаев) наиболее характерна для Дагестана, Чечни и прилегающих регионов, а также встречается у астраханских ногайцев и калмыков.

Интересно, что фамилия сохранила редкую для русского уха начальную группу «ш-п», что выдаёт её иноязычное происхождение. В русских фамилиях такое сочетание согласных в начале слова почти не встречается. Это сразу позволяет отличить Шапхаевых от фамилий, образованных от славянских корней. Сословно предки носителей этой фамилии, скорее всего, были не из дворян, а из числа свободных общинников или узденей (у горцев Кавказа) — людей, не принадлежавших к знати, но и не бывших крепостными.