Фамилия Шапонько звучит на украинский или белорусский лад, и это первая зацепка. Суффикс -ко (в безударной позиции часто произносится как -ка) — один из самых характерных признаков фамилий, сформировавшихся на территории современной Украины и юга Беларуси. Он указывает на уменьшительность или принадлежность: буквально «маленький Шапонь» или «сын Шапоня». В польском и западноукраинском варианте эта модель могла передавать прозвище отца, записанное в родительном падеже множественного числа (z Szaponiów — «из рода Шапоней»), но на востоке чаще работала прямая уменьшительная форма.

Основа фамилии — Шапонь. Здесь возможны два объяснения, и оба лежат в бытовой сфере. Первое и самое прямое: «шапонь» — это фонетический вариант слова «шапка» или «шапёнка» (маленькая, плохая шапка). В говорах западных областей переход «к» в «нь» встречается (сравните украинское «шапка» и диалектное «шапоня»). Тогда прозвище Шапонь могли дать человеку, который постоянно носил несуразный головной убор, либо, по контрасту, шапочнику — мастеру по изготовлению шапок. Второе объяснение: Шапонь — это адаптация польского слова szpon («коготь») или szpona («шина, скрепа»). В этом случае прозвище мог получить цепкий, хваткий человек либо плотник, работавший со скобами. Однако первая версия (от головного убора) встречается в ономастике чаще и выглядит правдоподобнее: фамилии на -ко от названий одежды (Кожух, Кожушко) — распространённое явление.

С географической точки зрения фамилия Шапонько плотно привязана к западу Украины. По данным современных исследований, наибольшая концентрация носителей — в Ивано-Франковской, Львовской и Тернопольской областях. Это косвенно подтверждает польское или галицийское происхождение: именно там суффикс -ко был особенно продуктивен, а фамилии фиксировались в метрических книгах Австро-Венгерской империи. Встречается фамилия и в южных регионах России, куда её занесли переселенцы в XIX—XX веках.

Интересная деталь: фамилия Шапонько не входит в списки древних дворянских родов Российской империи. Её носители — почти наверняка потомки крестьян, мещан или казаков. В ревизских сказках XIX века люди с такой фамилией чаще всего числились «малороссиянами» (украинцами) и занимались земледелием или ремёслами. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — это «народная» фамилия, возникшая из уличного прозвища, которое закрепилось за родом.