Фамилия Шапотько — характерный пример восточнославянской фамилии с украинским «следом». Её выдает суффикс -ко, который в украинской ономастике выполнял ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: он превращал прозвище или профессию в родовое имя. Основа здесь — «шапоть», и это не опечатка и не искажение слова «шапка», а самостоятельное диалектное явление.

В украинских и южнорусских говорах «шапоть» или «шапотъ» означало не просто головной убор, а нечто ветхое, изношенное, рваньё. В переносном смысле так могли назвать неопрятного, плохо одетого человека или, наоборот, того, кто ходит в обносках из-за бедности. Однако есть и другая, более прозаичная версия: «шапоть» — это вариант слова «шапка» с изменённым окончанием, характерным для некоторых диалектов. Тогда первый носитель фамилии мог быть шапочником, то есть ремесленником, который шил головные уборы.

Словообразовательная модель проста: к основе «шапоть» добавили уменьшительно-ласкательный или патронимический суффикс -к-, а затем окончание -о. Получилось «Шапотько» — буквально «маленький Шапоть» или «сын Шапота». Такая модель типична для украинских фамилий на -ко (Ковалько, Гончаренко, Шевченко), где суффикс часто указывал на происхождение от отца или на молодость.

Географически фамилия Шапотько тяготеет к левобережной Украине и югу России. Наибольшая плотность носителей зафиксирована в Черниговской, Сумской и Полтавской областях, а также в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, куда активно переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Это указывает на простое крестьянское или казацкое происхождение: фамилия не встречается в дворянских родословных книгах.

Спор между двумя версиями — «ветхая одежда» и «шапочное ремесло» — решается в пользу первой. Слово «шапоть» в значении «тряпьё» зафиксировано в словаре Владимира Даля и в украинских говорах, тогда как профессиональное прозвище «Шапочник» в украинской традиции обычно давало фамилию Шаповал или Шапочка. «Шапоть» звучит скорее как уничижительное прозвище, которое давали не по ремеслу, а по внешнему виду. Впрочем, для самого носителя фамилии это не принципиально: в любом случае предок был человеком из простонародья, которого окружающие запомнили либо по его потрёпанной одежде, либо по профессии, связанной с шапками.