Фамилия Шапуков образована по одной из самых распространённых в России моделей: от прозвища или имени с помощью суффикса -ов. Основа здесь — «Шапук», а суффикс указывает на принадлежность («чей?»), то есть Шапуков буквально означает «сын Шапука» или «из рода Шапука».

Корень «шап-» чаще всего отсылает к слову «шапка». Однако маловероятно, что прозвище Шапук дали человеку за то, что он носил шапку — это слишком общее. Скорее, прозвище носило ироничный или характеризующий оттенок. Шапуком в русских говорах могли назвать того, кто никогда не снимал шапку (по обычаю это считалось невежливым), или, наоборот, человека, который постоянно её терял. В некоторых диалектах «шапук» означало «шапчонка», плохой головной убор, — отсюда могло пойти прозвище небрежного или бедного человека.

Есть и менее очевидная версия, которую поддерживают некоторые ономасты: связь с тюркскими корнями. В тюркских языках «шап» может означать «быстрый», «резвый», а суффикс -ук/-ык образует уменьшительные или прозвищные формы. В этом случае Шапук — прозвище проворного, живого человека. Такое объяснение правдоподобно для южных и восточных регионов России, где сильны тюркские влияния, но для фамилии в целом основным остаётся славянский вариант с шапкой.

Географически фамилия Шапуков не принадлежит к числу сверхраспространённых, но встречается устойчиво на Северном Кавказе и в Поволжье. В частности, среди терских и кубанских казаков фамилия фиксируется с XIX века. Это наводит на мысль, что предки носителей могли быть не только крестьянами, но и казаками — людьми, для которых прозвище по головному убору было особенно актуально: казачья шапка-кубанка была важным элементом облика и статуса.

Однофамильцев с похожей основой немало: Шапкин, Шапочкин, Шаповалов (от «шаповал» — валяльщик шапок). Но Шапуков стоит отдельно — суффикс -ук в основе выдаёт скорее прозвище, чем ремесло. Скорее всего, первый Шапук был человеком с заметной особенностью, связанной с шапкой, или, по тюркской версии, с характером.