Фамилия Шарафотинова — одна из тех, что заставляют задуматься о маршрутах, которыми шли люди, оставляя свой след в русском языке. Её основа — арабское имя Шарафуддин (Шараф ад-Дин), что переводится как «честь веры» или «слава религии». Это составное имя, где «шараф» означает почёт, достоинство, а «дин» — веру. В мусульманском мире имя было распространённым, и от него образовалось множество фамилий у народов, исповедующих ислам.

Интересна здесь не столько основа, сколько суффиксальная цепочка. Фамилия заканчивается на -ин, что типично для русского патронимического суффикса (чей? — Шарафотинов). Но перед ним стоит -ов-, который в данном случае работает как соединительный элемент, адаптирующий восточную основу к русской модели. Получается, что фамилия прошла несколько стадий: сначала имя Шарафуддин в бытовой речи татар или башкир могло сократиться до формы Шарафот (с усечением и заменой звуков), затем от этого прозвища образовали отчество Шарафотович, а уже от него — фамилию Шарафотинов. Вариант с «о» вместо «у» (Шарафотинов вместо Шарафутдинов) — результат местного произношения или записи переписчиками, не всегда точно слышавшими гласные.

Географически фамилия привязана к регионам Поволжья и Урала, где исторически жили татары и башкиры. Встречается она и у русских, но почти всегда указывает на предка, принявшего православие из татарской или башкирской среды. В документах XIX века такие фамилии нередко фиксировали за крещёными татарами, которые сохраняли родовое имя, но оформляли его по-русски. В отличие от фамилий на -ов, которые могли обозначать просто «сын такого-то», здесь суффикс -ин указывает на принадлежность более конкретно: «чей сын?» — Шарафотина. Это говорит о том, что исходное прозвище Шарафот воспринималось как личное имя, а не как прозвище отца.

Редкость фамилии объясняется и тем, что полная форма имени Шарафуддин чаще давала фамилии Шарафутдинов или Шарафудинов. Вариант с «о» и без «д» — более локальный, возможно, диалектный. Встречается он в основном в Башкортостане и Татарстане, а также среди татарской диаспоры в Средней Азии. Носитель фамилии может с равной вероятностью оказаться потомком муллы, купца или простого крестьянина — имя было популярно в разных сословиях.