Фамилия Шарахина — женская форма фамилии Шарахин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или неканонического имени Шарах. Самая вероятная основа — глагол «шарахнуть»: ударить, грохнуть, с силой бросить. Прозвище Шарах могли дать человеку с крутым нравом, который действовал резко и напролом, или, наоборот, кому-то шумному и неосторожному — «шарахнул дверью», «шарахнул кулаком по столу». В русских говорах слово бытовало в значении «удар, грохот», а в диалектах Вологодчины и Сибири «шарахом» называли внезапный испуг или переполох.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: основа на твердый согласный (Шарах) плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально: «чей?» — сын или потомок Шараха. Суффикс -ин характерен для фамилий, возникших в северных и центральных областях России, где прозвища и имена на -а, -я склонялись по «женскому» типу и давали притяжательную форму на -ин. В южных регионах на том же месте чаще встречается суффикс -ов/-ев, но Шарахов — фамилия редкая, что косвенно подтверждает северное или среднерусское происхождение Шарахиных.

Существует и менее очевидная версия: в некоторых говорах «шарах» — это местное название растения (например, осоки или хвоща) или даже рыбы (ерша). Тогда прозвище могло относиться к внешности или занятию человека. Однако эта гипотеза слабее: ни в одном авторитетном словаре русских народных говоров (вроде выходившего с 1965 года) такое значение не зафиксировано как распространенное, а «шарахнуть» — слово повсеместное. Поэтому версия с ударом и грохотом остается основной.

В метрических книгах XIX века фамилия встречается в основном в Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях — в зоне бытования суффикса -ин. Шарахины не относились к дворянству или купечеству первой гильдии: это крестьянская или мещанская фамилия. В переписях и ревизских сказках носители записаны как государственные крестьяне или дворовые люди. В советское время фамилия не исчезла, но осталась малочисленной — по данным современных телефонных справочников, основные очаги сосредоточены в Москве, Подмосковье и на Урале, куда потомки переселились в ходе индустриализации.