Фамилия Шарфунова — женская форма фамилии Шарфунов, и её происхождение неочевидно с первого взгляда. В русском языке нет распространённого слова «шарфун», поэтому корень фамилии, скорее всего, не русский, а заимствованный. Наиболее вероятная версия связывает её с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий есть корень «шар» или «шарф», означающий «восток» или «восточный», а также «честь», «достоинство». Суффикс «-ун» мог придать слову значение носителя качества: «шарфун» — человек с востока, восточный человек, или же почтенный, уважаемый.

Другая, менее распространённая гипотеза, отталкивается от диалектного глагола «шарфунить» — так в некоторых говорах называли небрежную, шаркающую походку, или, наоборот, суетливое поведение. Тогда прозвище Шарфун могли дать человеку с характерной походкой. Однако эта версия слабее: глагол редкий и не имеет широкого распространения в письменных источниках. Тюркская основа выглядит убедительнее, особенно если учесть, что фамилия встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где исторически тесно переплетались русские и тюркские культуры.

Суффикс «-ов» в мужской форме (Шарфунов) указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Шарфунов сын». То есть фамилия образована от личного прозвища или имени Шарфун. Носитель фамилии Шарфунова — потомок человека, которого в своё время прозвали Шарфуном. Кем он был — выходцем с востока, уважаемым человеком или обладателем особой походки — сегодня точно не определить, но тюркский след здесь кажется самым логичным.