Фамилия Шарькова образована от мужской формы Шарьков, а та, скорее всего, от прозвища Шарька. В русской ономастике суффикс -ка в основе прозвища часто указывает на действие или характерный признак. Глагол «шарить» в старых говорах означал не только «искать ощупью», но и «рыться, копаться, шастать». Прозвище Шарька могли дать человеку непоседливому, любопытному, везде сующему нос, или, наоборот, тому, кто любил порыться в чужих вещах.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «шарок» (маленький шар, круглый предмет). В этом случае прозвище могло относиться к внешности: круглолицый, плотный человек. Однако глагольная основа встречается в фамилиях чаще, чем предметная: достаточно вспомнить однокоренные Шаров, Шариков, где корень тот же, но модель образования другая.

Фамилия принадлежит к самому распространённому типу русских фамилий — с суффиксом -ов/-ев, который указывает на принадлежность: «чей?» — Шарьков, то есть сын Шарьки. Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях, где глагол «шарить» бытовал в речи активнее, чем на юге.

В отличие от фамилии Шариков, где ударение падает на первый слог, в фамилии Шарьков ударение обычно на втором — на корне «шарь». Это объясняется тем, что в основе лежит форма повелительного наклонения или краткое прозвище с беглым гласным. На письме мягкий знак сохраняет след древнего произношения, которое в некоторых говорах закрепилось и в фамилиях.