Фамилия Шарковская — женская форма, мужской вариант — Шарковский. Эта фамилия почти наверняка имеет географическое происхождение: она образована от названия населённого пункта с корнем «Шарк-» или «Шарков-». Типичная модель для польской, белорусской, украинской и западнорусской аристократии: суффикс -ский/-цкий указывал на владение землёй или происхождение из определённого места. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые чаще давались крестьянам и мещанам, фамилии на -ский в XVI–XVIII веках носила шляхта, духовенство и выслужившееся дворянство.

Самая вероятная топонимическая основа — село Шарки или Шарково. Такие названия встречаются в Беларуси (например, Шарки в Витебской области) и в Польше (Szarki). В основе этих названий может лежать древнее литовское или балтское слово «šarkė» — сорока, либо славянское прозвище «Шарко» — от «шаркать» (издавать шуршащий звук) или от «шар» (цвет, окраска). Второй вариант: корень может восходить к тюркскому «шарк» — восток, что встречается в южнорусских и украинских топонимах, но для северо-западных земель это менее характерно.

Если предки Шарковских были шляхтичами, фамилия закрепилась за родом после получения герба или земельного пожалования. В Речи Посполитой такие фамилии записывали в метрики костёлов, а после разделов Польши — в российские ревизские сказки. Если же предки были духовного звания, фамилию могли дать по месту службы или рождения в семинарии — так часто поступали с детьми священников, давая им «благородный» суффикс вместо простонародной фамилии.

В современной России фамилия Шарковская встречается редко, чаще всего в центральных областях и на юге, куда в XIX веке переселялись выходцы из западных губерний. Мужской вариант Шарковский более распространён — его носители живут в Беларуси, на Украине и в Польше. Однокоренные фамилии — Шарков, Шарко, Шаркевич — тоже указывают на прозвище «Шарко», но без территориальной привязки.

Спорные версии. Иногда фамилию пытаются связать с еврейскими корнями (от местечка Шарковщизна в Витебской губернии), но это скорее исключение: большинство носителей — православные или католики. Другая гипотеза — происхождение от прозвища «Шарка» (человек с резкими, отрывистыми движениями), но тогда фамилия была бы Шаркин или Шарков, а не Шарковский. Географическая версия остаётся основной.