Фамилия Шаркунас — один из тех случаев, когда написание подсказывает происхождение точнее, чем звучание. Окончание -ас выдает литовский след: это типичный литовский суффикс, образующий фамилии от прозвищ или названий занятий. В русской среде такую фамилию могли записать на слух, сохранив литовскую основу, но адаптировав под местную грамматику.

Корень «шарк-» почти наверняка связан с литовским šarkas — «сорока». Прозвище Шарка (или Шаркунас) давали человеку болтливому, крикливому, либо тому, кто выделялся пестрой одеждой или манерой поведения, напоминающей эту птицу. В славянских языках тоже есть похожие корни (например, «шаркать» — издавать шорох, скрести), но для фамилии с литовским суффиксом версия с сорокой правдоподобнее: в балтийской ономастике прозвища от названий птиц и животных — одно из самых распространенных явлений.

Географически фамилия Шаркунас тяготеет к северо-западу бывшей Российской империи: Литва, бывшая Ковенская и Виленская губернии, а также приграничные районы современной Беларуси и Латгалии. В русских переписях XIX века такие фамилии встречались у крестьян и мещан, часто — у католиков или старообрядцев, осевших в этих краях.

Словообразовательная модель проста: основа Шаркун- (от šarkas с суффиксом -ун-, указывающим на деятеля или носителя признака) плюс литовское окончание -ас. Буквально Шаркунас — «тот, кто похож на сороку» или «сорочий». В русском языке фамилия могла трансформироваться в Шаркунов, если носитель переходил в православие или переселялся в великорусские губернии, но исходная форма сохранилась в Литве и у литовской диаспоры.

Встречается ли фамилия у дворян? Скорее нет: в польско-литовских гербовниках она не зафиксирована. Это фамилия простонародная, что не умаляет её возраста — такие прозвищные фамилии нередко старше многих шляхетских, просто не попали в официальные реестры.