Фамилия Шаркунова образована от прозвища Шаркун, которое в старину имело негативное значение: на Руси шаркунами называли тех, кто внешним лоском и изысканностью манер прикрывал свою внутреннюю пустоту. Однако не исключено, что это прозвище может быть связано и с глаголом глагол «шаркакть» - «ходить, приволакивая ногу». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шаркун, со временем получил фамилию Шаркунова.