Фамилия Шаршатенко — один из примеров того, как русская фамилия образовалась на украинской почве по характерной модели. Суффикс -енко (в украинском языке уменьшительно-патронимический, означающий «сын», «потомок» или «маленький») указывает, что предок носителя фамилии был человеком по прозвищу Шаршат или Шаршатый. Такие фамилии особенно массово закрепились на Левобережной Украине, в бывших землях Гетманщины, и затем распространились по югу России.

Основа фамилии — шаршат- — восходит к прилагательному «шаршавый». В русских говорах это слово означало «шершавый», «шелушащийся», «с неровной, грубой поверхностью». Прозвище Шаршавый или Шаршат могли дать человеку с огрубевшей кожей рук, с неровным лицом (например, после оспы) или тому, кто носил грубую, негладкую одежду. В переносном смысле — неуживчивому, «колючему» по характеру человеку.

Встречаются и однокоренные фамилии: Шаршавин, Шаршаков, Шаршуков. Но форма на -енко говорит о том, что предок был не просто «шаршавым», а именно «сыном Шаршата» — так прозвище отца перешло на его детей. В документах XVIII–XIX веков фамилия фиксируется среди казаков и крестьян Черниговской, Полтавской и Харьковской губерний — в тех регионах, где суффикс -енко был основным способом образования фамилий.

Исследователи украинской ономастики (в частности, работы Ю. К. Редько) относят такие фамилии к группе прозвищных, возникших без участия крестильного имени. То есть Шаршатенко — не от имени, а от бытовой характеристики человека. Никакой связи с иноязычными корнями (тюркским или польским) у этой фамилии нет, хотя внешне она может напоминать что-то южное. Всё объясняется просто: шаршавый — шершавый.

Сегодня фамилия редкая, встречается в основном в южных областях России и в восточной Украине. Известных исторических деятелей с такой фамилией нет, что типично для фамилий, возникших в крестьянской или казачьей среде и не попавших в дворянские родословные книги.