Фамилия Шаршаткин образована по редкой в русской ономастике модели от прозвища Шаршатка. В основе лежит диалектный глагол «шаршат(ь)» — шуршать, шелестеть, производить шорох, а также, в некоторых говорах, говорить шепотом или невнятно. Суффикс -к- в прозвище указывает на предмет или лицо, совершающее действие: шаршатка — тот, кто шуршит, шепчется, или же нечто шуршащее. Фамильный суффикс -ин стандартно указывает на принадлежность: «сын Шаршатки». Таким образом, Шаршаткин — потомок человека с прозвищем Шаршатка.

Слово «шаршатка» могло иметь и конкретное бытовое значение. В северных и сибирских говорах «шаршаткой» называли мелкую рыбешку, которая при сушке или движении издает шуршащий звук (например, ерша или пескаря). Тогда прозвище мог получить рыбак, промышлявший такой рыбой, или человек с шершавой, шелушащейся кожей — внешняя аналогия с «шаршавой» поверхностью. Вторая версия менее вероятна, так как прилагательное «шаршавый» в русских говорах имеет значение «шероховатый», но в основе фамилии лежит именно глагольная форма.

Фамилия крайне редкая. Её география тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам, где диалектная лексика с корнем «шарш-» встречается чаще, чем в центральных областях. В метрических книгах XIX века Шаршаткины фиксировались в основном среди государственных крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией не обнаружено, что типично для прозвищных фамилий, возникших в крестьянской среде.

В написании фамилии возможны варианты: Шаршаткин (основной) и устаревшее Шаршадкин (с озвончением глухого [т] перед звонким в некоторых говорах). Оба варианта восходят к одному прозвищу. Родственные фамилии — Шаршавин, Шаршаков — образованы от того же корня, но по другим словообразовательным моделям. Шаршаткин выделяется среди них именно суффиксом -к-, который придает основе уменьшительно-пренебрежительный или предметный оттенок.