Фамилия Шаршунова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Шаршунов, образована по самой распространённой в России модели: от прозвища или нецерковного имени с помощью суффикса -ов. Это указывает на принадлежность к роду человека, которого в быту называли Шаршун. Вопрос в том, что скрывается за этим прозвищем.

Самая вероятная версия связывает основу с диалектным глаголом «шаршунить» или «шаркать». В северных и сибирских говорах «шаршун» — это тот, кто шаркает, производит шум при ходьбе, возится, шуршит. Прозвище могли дать неспокойному, суетливому человеку или, наоборот, тому, кто ходит тяжело, «шаркая» ногами. В. И. Даль в своём словаре фиксирует слово «шаршура» — беспокойный человек, егоза. Таким образом, фамилия отражает особенность поведения или походки предка.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с «шаршун» как названием предмета. В некоторых регионах так называли самодельную трещотку или погремушку, которой отпугивали птиц или скот. Тогда прозвище могло перейти на человека, который постоянно шумит, тараторит, или на того, кто делал такие трещотки (то есть по ремеслу). В отличие от фамилий на -ин, которые часто указывают на принадлежность матери или жене, суффикс -ов здесь однозначно говорит о патрониме — фамилии по отцу.

Фамилия Шаршунова — редкая, с ярко выраженной диалектной окраской. Она не встречается среди дворянских родов, а бытует в основном в крестьянской среде Русского Севера, Вологодской, Архангельской областей, а также в Сибири, куда переселенцы принесли свои говоры. Её носительницы могут с уверенностью сказать: их предок был человеком с заметной, «звучащей» манерой поведения, за что и получил своё прозвище.