Фамилия Шарупа — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, без типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это так называемая «неоформленная» фамилия, которая закрепилась в той же грамматической форме, что и исходное слово. Такое часто встречается на западе и юге России, а также в Беларуси и на Украине, где фамилии на -а, -о, -ук, -юк особенно распространены.

В основе фамилии лежит прозвище Шарупа. Его происхождение, скорее всего, связано с диалектным глаголом «шарупать» или «шарупить», который в южнорусских и украинских говорах означал «шарить», «рыться», «искать ощупью», а также «делать что-то небрежно, кое-как». Человек с таким прозвищем мог быть непоседой, суетливым или, наоборот, неаккуратным в работе. В белорусском языке есть слово «шарупаць» — «скрести», «царапать», что добавляет ещё один оттенок: прозвище могло достаться тому, кто постоянно что-то скребёт или чистит, например, дворнику или кожевнику.

Версия с украинским корнем «шарувати» (тереть, мыть, чистить) также правдоподобна. В таком случае Шарупа — это человек, занятый чисткой или стиркой, либо просто чистюля. Менее вероятно, но не исключено, что фамилия восходит к литовскому šarūpas — «шершавый», «грубый», что могло указывать на внешность или характер. Эта версия объясняет бытование фамилии в белорусско-литовском пограничье.

Сословной привязки у фамилии нет: Шарупы встречались и среди крестьян, и среди казаков, и в мещанской среде. Географически фамилия тяготеет к Гомельской и Брестской областям Беларуси, а также к Черниговской и Сумской областям Украины. В России она редка и встречается в основном в южных регионах и в Сибири, куда переселенцы принесли её в XIX веке.