Она образована от прозвища, в основе которого лежит нарицательное «шкарупа» - «скорлупа». Возможно, Шкарупой называли человека, который разводил кур и продавал яйца на рынке. Однако такое прозвище могло указывать и на определенный характер предка: возможно, он был скрытным, угрюмым человеком. Среди известных однофамильцев можно назвать Леонида Павловича Шкарупу, руководителя Уральского русского народного оркестра.