Фамилия Шкарупина образована от прозвища Шкарупа. Оно восходит к украинскому глаголу «шкарупнути», т.е. «покрываться плотной корой, становиться шершавым, шершавым на ощупь». Вероятно, оно указывало на особенности внешнего вида человека: огрубевшая, шершавая кожа как следствие работы на холоде или воде. Не исключено, что такое прозвище мог получить и тот, кто имел суровый, резкий, немилосердный характер. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шкарупа, со временем получил фамилию Шкарупина.