Фамилия Шкарупий — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание необычным окончанием. В русской ономастике типичны фамилии на -ов, -ин или -ский, а здесь — редкий суффикс -ий, который в украинской и польской традициях чаще всего указывает на прилагательное происхождение: Шкарупий буквально значит «тот, кто относится к Шкарупу» или «сын Шкарупа». Основа здесь — прозвище Шкаруп, которое и стало ядром фамилии.

Само слово «шкаруп» в украинских говорах имеет два основных значения. Первое — «скорлупа», «твёрдая оболочка» (сравните с русским «скорлупа» или польским skorupa). Второе, более образное — «скупой, прижимистый человек», которого как будто «закрывает» твёрдая оболочка. В украинском языке есть и глагол «шкарубнути» — «затвердеть, стать жёстким», что тоже отсылает к той же основе. Таким образом, первый носитель фамилии мог получить прозвище либо по внешнему сходству (например, за твёрдый, «панцирный» характер), либо по профессии — возможно, он был ремесленником, работавшим с твёрдыми материалами.

Географически фамилия Шкарупий привязана к западноукраинским землям — прежде всего к Волыни, Подолью и Галичине. В польских метрических книгах XVI–XVII веков встречается фамилия Skorup (с корнем «skorupa»), и Шкарупий — её восточнославянский вариант, адаптированный под украинскую фонетику. В России фамилия редкая, встречается в основном среди потомков переселенцев из западных губерний.

Интересная деталь: в фамилии сохранился древний суффикс -ий, который в украинском языке обычно передаёт значение принадлежности (как в фамилиях Божий, Ковальчук — но через другие модели). В русском языке этот суффикс почти не используется в фамилиях, поэтому Шкарупий воспринимается как нетипичная, «нерусская» по звучанию. Это хороший маркер для тех, кто ищет свои корни: фамилия прямо указывает на украинское происхождение, причём скорее всего из крестьянской или ремесленной среды — прозвища такого типа редко давались дворянам.