Фамилия Шкарупова — женская форма от Шкарупов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Шкаруп. Основа здесь — южнорусское или украинское слово «шкаруп(к)а», которое в разных говорах означало либо «корка хлеба», либо «сухая корка на ране» (струп), либо «чешуйка». То есть прозвище могли дать либо по внешнему признаку (например, шелушащаяся кожа), либо по привычке — любителю хлебных корок. В украинском языке есть и глагол «шкарубнути» — зачерстветь, заскорузнуть, что тоже могло стать характеристикой человека: сурового, жесткого, неуступчивого.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Шкаруп, и получилось притяжательное прилагательное («чей?» — Шкарупов сын, Шкарупова дочь). Фамилия недвусмысленно указывает на то, что предок носителя звался или прозывался Шкарупом. Встречается она в основном в южных и центральных областях России, особенно в Белгородской, Воронежской и Курской областях — там, где исторически сильны украинские говоры и слово «шкарупка» бытовало в обиходе.

Интересно, что в русских говорах есть и вариант «шкарлупа» (яичная скорлупа), но фамилия Шкарупов/Шкарупова закрепилась именно с «у» в корне, что говорит о её происхождении от живого разговорного варианта, а не книжного. Встречается и фамилия Шкарупин — с суффиксом -ин, но она гораздо реже. По сути, Шкаруповы — это потомки человека, которого в деревне называли по какой-то «корковой», внешней или бытовой примете.

Сословного барьера у фамилии не было: прозвище могло закрепиться и за крестьянином, и за мещанином. В дворянских родословных книгах Шкаруповы не значатся — это фамилия, типичная для простых людей, чьи предки жили в сельской местности чернозёмной полосы.