Фамилия Шкарупелова — женская форма, а её мужской вариант Шкарупелов. В основе лежит прозвище или мирское имя Шкарупел, которое, скорее всего, связано с диалектным словом «шкарупа» или «шкарубка». В южнорусских и украинских говорах так называли струп, коросту, шершавую корку на коже, а также заскорузлую корку хлеба или засохшую грязь. Человек мог получить такое прозвище по внешнему признаку (например, за шершавую кожу рук после тяжёлой работы) или по ироничной аналогии — за «сухой», неуступчивый характер.

Модель образования фамилии проста и типична для русской ономастики: суффикс -ов присоединялся к основе, указывая на принадлежность — «сын Шкарупела». Менее вероятна, но возможна связь с польским «skorupa» (черепок, скорлупа) или с глаголом «шкарупать» — царапать, скрести, что могло указывать на ремесло: например, кожевника, который скоблил шкуры, или плотника, снимавшего кору.

Фамилия редкая, встречается в основном на юге России и в восточных областях Украины, что подтверждает её диалектное происхождение. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища фиксировались среди казачества и крестьянства — сословий, где бытовые, «грубоватые» прозвища были нормой. Дворянских родов с такой фамилией не известно: в «Общем гербовнике» и списках служилых людей она не значится.

Примечательно, что фамилия сохранила редкую для русского языка начальную группу «шк-», которая чаще встречается в западнославянских и балтийских заимствованиях (ср. «школа», «шквал»). Это лишний раз подчёркивает её народное, не книжное происхождение — слово бытовало в устной речи и не попало под влияние литературной нормы.