Фамилия Шкарупелов образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность («чей?»). Основа здесь — прозвище или мирское имя Шкарупел, а оно, в свою очередь, восходит к слову «шкарупелый». В южнорусских и украинских говорах так говорили о чём-то заскорузлом, затвердевшем, шершавом: о коже, о корке хлеба, о засохшей грязи. Человек с таким прозвищем мог получить его за грубую, огрубевшую от работы кожу рук или за неуступчивый, «заскорузлый» характер.

Интересная деталь: фамилия почти не встречается в центральных и северных областях России. Её основной ареал — бывшие южные губернии (Курская, Воронежская, область Войска Донского) и Украина. Это объясняется диалектной природой корня: слово «шкарупа» (чешуя, корка, струп) и производное «шкарупелый» — характерная черта юго-западного наречия. В северных говорах то же значение передавали слова «скорлупа» и «скорблый».

Словообразовательная модель проста: прозвище Шкарупел (с нулевым окончанием, мужского рода) плюс типичный русский патронимический суффикс -ов. Иногда встречается украинский вариант Шкарупела, от которого образована фамилия Шкарупеленко. Встречаются и параллельные варианты с другим суффиксом: Шкарупин, Шкарупов — они могли возникнуть независимо от одного и того же прозвища.

Сословного барьера у фамилии не было: прозвище давали и крестьянину, и казаку, и мещанину. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предок носителя фамилии был человеком, которого окружающие охарактеризовали через внешнюю или внутреннюю «шкарупелость» — скорее всего, не в обидном, а в описательном смысле. В списках однодворцев и казаков южных уездов XVII–XVIII веков подобные прозвища фиксируются регулярно, хотя конкретное упоминание Шкарупелова в архивных документах пока не обнаружено.