Фамилия Шарутенко — довольно редкий пример украинской фамилии, образованной по патронимической модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках был главным маркером «сын такого-то» на Левобережной и Слободской Украине. Основа здесь неочевидная, и это как раз тот случай, когда без обращения к диалектной лексике не обойтись.

Самая вероятная версия связывает корень «Шарут» с украинским или польским прозвищем, образованным от глагола «шарувати» — тереть, скрести, чистить до блеска, а в переносном смысле — «шаркать», «шуршать». Человек мог получить прозвище Шарут за манеру ходить шаркающей походкой, за работу, связанную с чисткой или натиранием (например, полов в панском доме), или за привычку постоянно что-то тереть, наводить порядок. В польском языке «szaruta» означало «суета», «беготня», что тоже могло закрепиться за непоседливым человеком.

Менее распространённая, но допустимая гипотеза — связь с диалектным «шару́нок» (порядок, строй) или даже с тюркским заимствованием «шарут» (вид ткани или попоны). Но для прозвища, лёгшего в основу фамилии, бытовая характеристика по действию («шаркающий» или «чистящий») выглядит убедительнее, чем название материала.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской. Встречается и в Беларуси, но там её могли записать по-другому (Шарутёнок, Шарутович). Интересно, что суффикс -енко здесь прирос к уже готовому прозвищу Шарут, а не к имени. Это значит, что первый носитель фамилии был не «сын Шарута», а скорее «сын того, кого звали Шарут», то есть прозвище закрепилось за родоначальником и перешло в фамилию.

В дореволюционных ревизских сказках и метриках фамилия могла записываться с колебаниями: Шарутенко, Шарутенко, реже Шарутенько. Вариант с «ё» (Шарутёнко) — чисто русская адаптация ударения, в украинском оригинале ударение, скорее всего, падало на второй слог: Шару́тенко.