Фамилия Шарышкин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В первую очередь бросается в глаза суффикс -кин, который обычно указывает на принадлежность через женское имя или прозвище (чья? — Шарышкина). Но основа здесь — не женское имя, а, скорее всего, прозвище Шарышка, образованное от глагола «шарить» (искать, рыться) или «шарить» в значении «тереть, скрести». В северных и сибирских говорах «шарышкой» могли называть того, кто постоянно роется в вещах, ищет что-то, или человека с беспокойным, суетливым характером.

Другая, более конкретная версия связывает фамилию с ремеслом. В архангельских и вологодских говорах «шарыш» или «шарыжка» — это орудие для чистки, скребок. Например, так называли инструмент для сдирания коры с дерева или для очистки рыбы. В этом случае Шарышкин — потомок мастера, который работал таким инструментом: бондаря, плотника или рыбака. Суффикс -кин в этой модели необычен: если бы прозвище относилось к мужчине, логичнее было бы ожидать Шарышов или Шарышев. Но -кин мог закрепиться через форму «Шарышка» как ласкательное или уменьшительное прозвище (сравните: «сын Шарышки»).

В пользу северного происхождения говорит и география. Фамилия Шарышкин встречается в основном в Вологодской, Архангельской областях и в Пермском крае — на территориях, куда уходили переселенцы с Русского Севера. Это подтверждает связь с северными диалектами, где слово «шарыш» было в ходу. Версия о тюркском корне (от «шарык» — восток) или о связи с именем Шарып (араб. «благородный») маловероятна: в фамилии нет типичного тюркского суффикса -ов, а звучание ближе к славянской глагольной основе.

Однокоренных фамилий немного: Шарышев, Шарыпов, Шарыгин. Шарышкин стоит особняком из-за редкого суффикса, который делает её похожей на «матронимы» (фамилии по матери), но на деле просто отражает народную форму прозвища. Сословного барьера у неё не было — Шарышкины могли быть и крестьянами, и мещанами, и даже купцами, но в дворянские родословные книги эта фамилия не попала.