Фамилия Шарышева — женская форма фамилии Шарышев, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Шарыш. В основе лежит слово «шарыш», которое в русских говорах имело несколько значений. Самое вероятное из них — «ловкий, пронырливый человек», «плут» или «оборотень». В словаре Владимира Даля «шарыш» — это «мошенник», «плут» или «шатун, бродяга». Прозвище давали человеку с хитрым, изворотливым характером или тому, кто любил побродяжничать, не сидел на месте. Реже «шарышем» называли человека с большими, навыкате глазами — от слова «шары» (глаза).

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Шарыш- добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шарыша). Суффикс -ев, а не -ов, говорит о том, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий согласный (ш). Такая словообразовательная модель — типичная для русских фамилий, особенно распространённых в северных и центральных губерниях России.

Встречаются и альтернативные версии, но они менее убедительны. Например, связь с тюркским словом «шарыш» (соревнование, борьба) маловероятна: прозвища такого рода не были характерны для русской среды. Также фамилию иногда ошибочно выводят от «шары» (глаза) напрямую, но тогда была бы форма Шаров или Шарыгин, а не Шарышев.

Можно предположить, что предок носительницы фамилии был прозван Шарышем за свой нрав — возможно, он был непоседой, хитрецом или торговцем, умевшим «крутиться». Фамилия не относится к дворянским и не имеет географической привязки к конкретному уезду или городу, что говорит о её народном, крестьянском или мещанском происхождении. Встречается она преимущественно в Поволжье и центральной России, но без выраженного ареала.