Фамилия Шабышева — женская форма фамилии Шабышев. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Шабыш, которое, скорее всего, связано с тюркскими языками. Наиболее правдоподобная версия возводит корень к татарскому или башкирскому слову «шабыш» — «быстрый, проворный, резвый». В этом случае прозвище могли дать подвижному, энергичному человеку, который всё делал быстро.

Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза связывает фамилию с диалектным русским глаголом «шабышить» — «шарить, рыться, воровать». В некоторых говорах «шабыш» означало мелкого воришку или беспокойного человека. Если это так, то прозвище носило предупредительный или ироничный характер. Однако тюркская версия выглядит убедительнее, учитывая ареал распространения фамилии: Шабышевы чаще всего встречаются в Поволжье и на Урале, в зоне активных русско-тюркских контактов.

Суффикс «-ев» указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от основ на мягкий согласный или шипящий. Первоначально Шабышев — это «сын Шабыша», то есть потомок человека с этим прозвищем. Фамилия не относится к дворянским, а её носители в массе своей были крестьянами или мещанами. В дореволюционных источниках фамилия фиксируется в Казанской, Симбирской и Самарской губерниях, что подтверждает её приуроченность к регионам, где столетиями жили рядом русские и тюркские народы.

Однокоренные фамилии — Шабышин, Шабышевский — встречаются реже. Вариант Шабышева, соответственно, является самым распространённым. В написании возможны путаницы с фамилией Шабашев (от имени Шабаш, Шабан), но это разные корни, и путать их не стоит.