Фамилия Шатышева — женская форма фамилии Шатышев. В основе её лежит прозвище или неканоническое имя Шатыш, которое, скорее всего, образовано от диалектного слова «шатыш». В русских говорах, особенно на Урале и в Сибири, «шатыш» означало шаткого, неустойчивого человека, того, кто «шатается» без дела или часто меняет место жительства. Глагол «шататься» в значении «бродить, скитаться» дал целое гнездо фамилий: Шаталов, Шатунов, Шатров и, вероятно, Шатышев.

Модель образования проста: к основе Шатыш- добавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность к роду человека по имени Шатыш. В русской ономастике суффиксы -ов/-ев типичны для фамилий, возникших из прозвищ или мирских имён, которые не были связаны с крестильными именами. Таким образом, первый носитель фамилии Шатышев — это, по всей видимости, сын или потомок Шатыша, человека, получившего такое прозвище за непоседливость или непостоянство.

Интересно, что фамилия Шатышев встречается в основном в Поволжье и на Урале, что подтверждает версию о диалектном происхождении. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные модели (от глагольных основ с суффиксом -ыш) рассматриваются как характерные для северных и восточных регионов России. В отличие от фамилий Шаталов или Шатунов, которые более распространены, Шатышев — вариант более редкий, сохранивший узкую диалектную черту.

Мужская форма фамилии — Шатышев. Поскольку фамилия образована от прозвища, а не от церковного имени, её носители могли принадлежать к разным сословиям: прозвище Шатыш мог получить как крестьянин, так и посадский человек. Точных сведений о сословной принадлежности первых Шатышевых нет, но характер прозвища указывает на среду, где ценили оседлость и хозяйственность.