Фамилия Шавотин — редкая и с неочевидной этимологией. В ней легко увидеть иноязычный корень, но если разобрать её по модели, окажется, что она укладывается в привычную русскую словообразовательную схему.

Основа — «Шавот». Это могло быть прозвище или производная форма имени. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Шавотин — «сын Шавота» или «человек из рода Шавота». Такая модель типична для центральной и северной России, где фамилии на «-ин» образуются от основ, оканчивающихся на «-а» или согласный.

Сам корень «Шавот» — тёмный. Наиболее вероятная версия связывает его с диалектным словом «шавот» или «шавок» — так в некоторых говорах называли щенка, молодую собаку. Прозвище Шавот могли дать человеку за внешнее сходство (например, за курносый нос или «щенячью» внешность) или за манеру поведения — суетливого, вертлявого, постоянно следующего за кем-то. В ономастике прозвища от названий детёнышей животных встречаются, хоть и не так часто, как от взрослых зверей.

Менее правдоподобная гипотеза выводит фамилию из тюркских языков, где «шавот» могло означать что-то вроде «ученик» или «последователь». Но фонетически это слабо подтверждается, а география фамилии (она встречается в основном в русских областях, особенно в Поволжье) говорит скорее за исконно славянскую или заимствованную, но быстро обрусевшую основу.

Встречаются варианты написания «Шавотин» и реже «Шовотин» — это следствие акающего произношения, когда безударное «о» звучит как «а». В старых документах можно найти написание через «о», что указывает на возможную первоначальную форму «Шовотин», но закрепился именно вариант с «а».

Фамилия никогда не была распространённой. Её носители — скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию по прозвищу предка. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано.