Фамилия Шайдакина — женская форма фамилии Шайдакин, и её происхождение напрямую связано с основой «шайдак». Эта основа выводит нас в мир тюркских языков, где слово шайдак (или шайдан) означало «снаряжённый, вооружённый», а в более конкретном значении — «воин в доспехах», «конный ратник». В русских говорах, особенно в южных и поволжских регионах, слово «шайдак» могло закрепиться как прозвище для бойкого, драчливого человека или, напротив, для того, кто любил покрасоваться в наряде, «вырядиться». Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище Шайдак за воинственный нрав, службу в коннице или за броскую внешность.

Модель образования фамилии типична для русского ономастикона: к основе «Шайдак» добавился притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Шайдакин — буквально «сын Шайдака» или «человек из рода Шайдака». Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединяется к основам, оканчивающимся на -а/-я, но в случае с мужскими прозвищами на твёрдый согласный (Шайдак) он тоже встречается, хотя и реже, чем -ов. Это может говорить о том, что прозвище бытовало в среде, где ценилась краткая, «усечённая» форма, или же о том, что фамилия формировалась в северных и центральных областях России, где -ин более распространён.

Географически фамилия Шайдакина (и Шайдакин) нечастая, но имеет устойчивые очаги. Основной ареал — Поволжье, особенно территории бывших Казанского и Симбирского наместничеств, а также Урал. В этих местах исторически смешивались русское и тюркское население, что объясняет заимствование основы. Встречается фамилия и в казачьих областях (Дон, Оренбуржье), где военная лексика была повседневной, а прозвища вроде «Шайдак» — естественными.

Стоит отметить, что в некоторых говорах «шайдак» могло быть не прозвищем, а названием ремесла или предмета. Например, так иногда называли мастера по изготовлению конской сбруи или воинского снаряжения. Однако эта версия менее вероятна: слово не закрепилось в русском языке как название профессии, в отличие от «седельник» или «бронник». Прозвищное происхождение выглядит убедительнее.

В написании фамилии возможны варианты: Шайдакин (в мужском роде) и Шайдакина (женский). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шайда́кина, хотя в разных семьях могло закрепиться и на первом. Сравнение с однокоренными фамилиями (Шайдаков, Шайданкин, Шайдуллин) показывает, что основа «шайд-» в тюркских заимствованиях продуктивна, но именно форма с суффиксом -ин остаётся наиболее редкой и локальной.