Фамилия Шайдатов — одна из тех, где за привычным русским суффиксом скрывается нерусская, скорее всего тюркская, основа. Если разобрать её по составу, то всё прозрачно: корень «шайда-», суффикс «-ов» (в форме «-ат-ов», где «-ат» — часть основы или адаптированный аффикс). Фамилия образована по классической русской модели от прозвища или имени Шайдат, которое и нужно объяснять.

Самая вероятная версия ведёт к тюркским языкам, где слово «шай» (şay) может означать «достойный», «подходящий», «годный». В казахском и башкирском языках «шай» — это ещё и «чай», но вряд ли прозвище давали по напитку. Более убедительно выглядит связь с арабским «шахид» (свидетель, мученик за веру), которое в тюркской среде могло трансформироваться в «шайдат» или «шайда». В таком случае Шайдат — это видоизменённое имя Шахид, а фамилия Шайдатов означает «потомок Шайдата». Вторая версия, менее распространённая, выводит основу из тюркского «шайтан» (чёрт, бес), где «-т» отпало или смягчилось, но это скорее народная этимология, чем строгий научный разбор.

Суффикс «-ов» в окончании указывает на то, что фамилия закрепилась в русской среде уже после крещения или перехода носителей в православие. Географически фамилия тяготеет к регионам смешанного русско-тюркского населения: Поволжье (Татарстан, Башкирия), Урал, отчасти Сибирь. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного конкретного рода или селения.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на «-ов», где корень легко прочитывается по-русски (кузнец — Кузнецов), здесь основа остаётся тёмной для современного носителя. Это делает фамилию Шайдатов хорошим примером того, как миграции и межэтнические контакты оставляют след в самом обычном на вид русском окончании. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был тюркоязычным человеком, получившим при крещении или адаптации прозвище Шайдат, которое и закрепилось за его потомками.