Фамилия Шайдинова — женская форма фамилии Шайдинов, а в её основе лежит мужское имя или прозвище Шайдин. Образование по модели «имя + суффикс -ов» типично для русских фамилий, но корень здесь явно тюркский. Скорее всего, в основе лежит имя Шайдин, которое восходит к арабскому «шайид» (святой, почитаемый) или к тюркскому «шай» (радость, веселье) с добавлением уменьшительного суффикса -дин. В любом случае, это имя указывает на связь с исламской культурой и, вероятно, с народами Поволжья или Средней Азии.

Более узкая версия: Шайдин могло быть прозвищем, образованным от слова «шайтан» (черт, бес в мусульманской традиции) через форму «шайдин» — так могли называть человека с озорным или неспокойным нравом. Однако это менее вероятно, поскольку имя Шайдин встречается в татарских и башкирских родословных как личное, а не прозвищное. Географически фамилия распространена в Татарстане, Башкортостане и среди казахских родов, что подтверждает её тюрко-мусульманское происхождение.

В русском контексте фамилия Шайдинов могла появиться через крещение или ассимиляцию: носители могли быть служилыми татарами или выходцами из Золотой Орды, принявшими православие, но сохранившими родовое имя. В таком случае суффикс -ов просто русифицировал исходную форму. Сословно предки Шайдиновых могли быть как крестьянами, так и мещанами, но точных данных о дворянстве нет — фамилия не фигурирует в родословных книгах Российской империи.

Особенность фамилии — её редкость за пределами тюркоязычных регионов. В центральной России она почти не встречается, а в документах XIX века фиксируется в основном в Оренбургской и Уфимской губерниях. Это позволяет предположить, что фамилия не получила широкого расселения и осталась локальной, что делает её носителей вероятными потомками одной родовой ветви.