Фамилия Шайдуллаев — одна из тех, что ведут родословную не от прозвища или ремесла, а от личного имени. В её основе лежит арабское мужское имя Шайдулла, которое распространено среди народов, исповедующих ислам, — в первую очередь у татар, башкир, а также у народов Средней Азии и Кавказа. Имя Шайдулла — сложное: первая часть «шай» восходит к персидскому «шах» (царь, владыка), вторая — «улла» (араб. «Аллах»). Вместе имя можно перевести как «царь Аллаха» или «владыка, данный Аллахом», хотя в народной этимологии его часто осмысляют как «угодный Богу» или «божий человек».

Привычный для русского уха суффикс -ев указывает на модель образования фамилий в среде тюркских народов, оказавшихся в составе Российской империи. В XIX — начале XX века, при проведении переписей и выдаче документов, к тюркским именам нередко добавляли русские патронимические окончания. Так имя Шайдулла превратилось в фамилию Шайдуллаев, то есть «сын Шайдуллы». Аналогичным образом появились фамилии Абдуллаев, Ибрагимов, Рахматуллин — все они держатся на одной словообразовательной схеме: имя + суффикс принадлежности.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, где ударение падает на последний слог (Ивано́в), в фамилии Шайдуллаев ударение обычно ставят на третий слог — Шайдулла́ев. Это сохраняет ритмику исходного имени и выдает его нерусское происхождение. Встречается и вариант Шайдуллин — с татарским суффиксом -ин, который в этом случае выполняет ту же роль, что и -ев.

Сословно фамилия не привязана к дворянству или купечеству: её носителями были в основном крестьяне, ремесленники, муллы. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Шайдуллаевы встречаются в Поволжье и Приуралье — там, где плотно жили татары-мусульмане. После 1917 года фамилия распространилась шире, в том числе в Средней Азии, но её ядро по-прежнему — татарские и башкирские села.