Фамилия Шайдуллаева — женская форма от мужской фамилии Шайдуллаев, и её происхождение напрямую связано с арабским миром и исламской культурой. В основе фамилии лежит мужское личное имя Шайдулла, которое представляет собой вариант имени Шахидулла или Шайдуллах. В переводе с арабского оно означает «свидетель Аллаха» или «шахид Аллаха» (от корня «шахид» — свидетель, мученик за веру). В мусульманской традиции это имя давали с надеждой, что человек будет праведным и верным.

Фамилия образована по распространённой в тюркских и кавказских языках модели: к имени Шайдулла добавили патронимический суффикс -ев/-ова, который в русской среде закрепился как стандартный способ оформления фамилий для народов, исповедующих ислам. Суффикс указывает на принадлежность: Шайдуллаев — буквально «сын Шайдуллы». Такая модель характерна для татар, башкир, азербайджанцев, народов Дагестана и других групп, где арабские имена легли в основу родовых прозваний после вхождения в состав Российской империи.

Географически фамилия Шайдуллаева чаще всего встречается в Дагестане, Чечне, Татарстане и Башкортостане, а также среди тюркских народов Средней Азии. В русских документах XIX — начала XX века фиксация таких фамилий была непоследовательной: в метрических книгах и ревизских сказках одно и то же лицо могли записать как Шайдулла, Шайдуллаев или Шайдуллович, пока окончательно не устоялась форма с суффиксом -ев.

Редкость фамилии в том, что имя-основа Шайдулла содержит двойную семантику: оно одновременно отсылает к религиозному понятию «шахид» и к бытовому прозвищу — в некоторых тюркских говорах «шайдулла» могло означать «бойкий», «шустрый» или даже «озорник». Поэтому не исключено, что в отдельных случаях фамилия могла закрепиться не за потомками человека с именем Шайдулла, а за носителем соответствующего прозвища. Однако основная версия — происхождение от личного имени — остаётся главной и наиболее убедительной.