Фамилия Шайхадарова, скорее всего, образована от мужского имени Шайхадар (или Шайхадара), которое, в свою очередь, составное. Первая часть — «шайх» (арабское «шейх») — означает старейшину, почтенного человека, главу рода или религиозного наставника. Вторая часть — «адар» — менее прозрачна. Вероятнее всего, это искажённое «атар» (след, отпечаток, воздействие) или «адар» (потомство, семья). Таким образом, имя могло означать «потомок шейха» или «обладающий следами шейха» — то есть человек, в котором видны черты предка-шейха. Фамилия явно тюркско-мусульманского происхождения (распространена у татар, башкир, народов Кавказа).

Суффикс «-ова» указывает на принадлежность, типичную для русской модели образования женских фамилий. Исходная мужская форма — Шайхадаров. Фамилия относится к патронимическому типу: её давали по отцу, которого звали Шайхадар. Такие имена были характерны для духовных лиц или уважаемых старейшин в исламской среде, поэтому предки носительницы фамилии могли быть либо муллами, либо просто людьми, пользовавшимися авторитетом в общине.

Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, а также среди кавказских народов (особенно у кумыков и лезгин), где арабские имена с элементом «шейх» особенно популярны. Вариант написания с «Шай-» вместо «Шейх-» — результат адаптации к тюркскому произношению, где звук «х» смягчается. Встречаются также однокоренные фамилии: Шайхадаров, Шайхадаров, Шайхадаров. Более редкая, чем, скажем, Шайхутдинов, но тоже имеет устойчивую традицию.

Спорных версий происхождения немного. Иногда пытаются связать вторую часть с арабским «хадар» (присутствовать, быть) — тогда имя трактовали бы как «присутствие шейха», что сомнительно с точки зрения словообразования. Более правдоподобна версия с «атар»: в арабском «атар» (след) даёт значение «след шейха», то есть наследник его пути.