Фамилия Шаймерден — один из тех случаев, когда русская по форме фамилия (суффикс -ов) скрывает за собой совсем не русскую, а тюркскую и, скорее всего, мусульманскую основу. Корень здесь — личное имя Шаймерден, которое в свою очередь восходит к арабско-персидскому составному имени. Первая часть «шай» — искажённое «шах» (владыка, государь), вторая «мерден» — «мужи», «люди» (множественное число от персидского «мард» — мужчина). В целом имя Шаймерден трактуется как «владыка мужей» или «царь людей» — эпитет, который в исламской традиции чаще всего относят к халифу Али, зятю пророка Мухаммеда.

Таким образом, фамилия Шаймерденов (а в разговорной речи и в документах она могла писаться и без суффикса — просто Шаймерден) образована по самой распространённой русской модели: к основе-имени добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Шаймердена» или «принадлежащий Шаймердену». Это типичная история для фамилий народов Поволжья, Урала и Средней Азии, которые в XIX–XX веках массово получали русские окончания при записи в метрики и переписи.

Географически фамилия Шаймерден наиболее характерна для татар, башкир и казахов. В казахском ономастиконе имя Шаймерден — не редкость, а значит, и фамилия встречается чаще в среде северо-западного Казахстана и прилегающих регионов России. Встречается и вариант Шаймарданов — с более отчётливым произношением второго слога («мар» вместо «мер»), что связано с диалектными особенностями тюркских языков.

Интересно, что сама фамилия — редкий пример, когда русский суффикс прирастает к имени, которое уже в исходной форме звучит как фамилия (Шаймерден). В повседневном быту носителей могли записывать просто Шаймерден, без -ов, что создаёт путаницу: один и тот же человек в документах может фигурировать то как Шаймерден, то как Шаймерденов. Но в современной русской антропонимике закрепилась именно полная форма с суффиксом.