Фамилия Шаймеев — один из тех случаев, когда на первый взгляд ясная тюркская основа оборачивается неожиданным поворотом. Самое распространённое объяснение ведёт к личному имени Шаймей (или Шаймай), которое состоит из двух частей: «шай» (от арабского «шах» — владыка, царь) и «мей» (в тюркских языках — «судьба, доля» или «праздник, пир»). В сумме имя могло означать «царь судьбы» или «господин праздника». Суффикс -ев указывает на русскую модель образования от тюркской основы: Шаймеев буквально — «потомок Шаймея».

Но есть и более конкретная версия, привязанная к географии. В башкирском и татарском языках имя Шаймей (вариант — Шаймөхәммәт) нередко фиксировалось в документах XVIII–XIX веков у тептярей и башкир северо-востока Башкортостана. В этой среде фамилия Шаймеев встречается до сих пор, что позволяет сузить ареал её происхождения: скорее всего, предки носителей — выходцы из башкирских или татарских деревень на стыке современных Пермского края и Башкортостана.

Редкий суффикс -еев (а не стандартный -ов) здесь не случаен. В фамилиях, образованных от имён на мягкий согласный или на -й, русский суффикс -ев даёт окончание -еев, если основа оканчивается на -ей. То есть Шаймеев — регулярная форма, а не искажение. Интересно, что в некоторых переписях XIX века встречается написание «Шаймев» (без лишнего «е»), но в итоге закрепился полный вариант.

Что касается социального статуса: судя по тому, что фамилия не получила широкого распространения в дворянских родословных книгах, её носители относились к сословию государственных крестьян, тептярей или башкир-вотчинников. Это не ремесленная и не купеческая фамилия, а скорее «патронимическая» — по имени основателя рода.