Фамилия Шайтухина — женская форма фамилии Шайтухин, и её разговорное, диалектное происхождение заметно сразу. Основа «шайтух» не встречается в официальных именах или в церковных святцах. Скорее всего, это прозвище или производное от него, причём суффикс «-ух(а)» здесь играет главную роль.

Суффикс «-ух(а)» в русских фамилиях редок и почти всегда указывает на прозвище, данное по характерному признаку или поведению. Сравните: «Шайтуха» — человек, которого называли «шайтаном» (от тюркского «шайтан» — чёрт, бес, нечистая сила). В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, это слово могло быть не бранным, а ироничным прозвищем для озорного, хитрого или непоседливого человека. Таким образом, Шайтухин — буквально «сын Шайтухи», то есть потомок того, кого в деревне дразнили чертёнком или бесёнком.

Версия с тюркским корнем «шай» (радость, веселье) маловероятна: в таком случае фамилия звучала бы как Шайтулин или Шайтуков. Суффикс «-ух» — чисто русский, славянский, что подтверждает: перед нами не заимствование, а местное переосмысление чужого слова в прозвище. Географически фамилия Шайтухины встречается в основном в Воронежской и Ростовской областях, то есть в зоне активных контактов с тюркскими народами, где слово «шайтан» было в ходу.

Сословно фамилия Шайтухина, скорее всего, крестьянская или однодворческая — такие прозвища редко давали дворянам. Женская форма на «-а» указывает, что носительница — женщина из рода Шайтухиных, и в быту фамилия не склоняется только в официальных документах, а в речи звучит как «Шайтухина» (кого? — Шайтухиной).