Фамилия Шайтухов — редкая, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками Северного Кавказа. Основа фамилии — мужское имя или прозвище Шайтух. В нём отчётливо выделяется корень «шайт» — это адаптированная форма арабского слова «шайтан» (сатана, бес, злой дух). В мусульманской традиции это имя могло иметь охранительное значение: считалось, что, назвав ребёнка «чертёнком», родители обманывают злых духов, которые якобы не позарятся на такого «плохого» младенца. Подобная практика (имя-оберег) широко распространена у многих народов — от тюрков до славян.

Суффикс «-ух» в тюркских языках часто придаёт имени ласкательный или уменьшительный оттенок. Таким образом, Шайтух — это, скорее всего, «шайтанчик», «бесёнок» (в ласковом, домашнем смысле). Фамилию Шайтухов образовали по русской модели: к основе Шайтух добавили типичный русский фамильный суффикс «-ов». Это указывает на то, что носители фамилии — выходцы из среды, где тюркские имена сочетались с русской административной и документальной традицией. Чаще всего такие фамилии встречаются у кумыков, ногайцев, балкарцев или у терских казаков, имевших тесные контакты с горскими народами.

Версия о происхождении от «шайтан» — самая прямая и лингвистически прозрачная. Менее вероятно, хотя и возможно, связывать корень с арабским «шейх» (старец, духовный лидер) — в этом случае форма звучала бы иначе (Шейхухов или Шайхухов) и не имела бы уменьшительного суффикса. Географически фамилия Шайтухов привязана к Чечне, Дагестану и Ставропольскому краю. В дореволюционных записях её носители, скорее всего, были горцами-мусульманами, получившими фамилию при переписях или приписке к казачьему сословию. Сословной элиты среди Шайтуховых, судя по редкости фамилии, не было — предки были рядовыми общинниками, воинами или крестьянами.