Фамилия Щебенькова образована от прозвища или нецерковного имени Щебень. В русских говорах словом «щебень» называли не только мелкий битый камень, но и, в переносном смысле, человека — неугомонного, резкого или склонного к ссорам. Такое прозвище могли дать человеку с трудным характером, который «сыпался», как щебень, — то есть был колким, неуживчивым. Встречается и другое толкование: «щебенем» в некоторых регионах называли мусор, отходы, и прозвище могло относиться к тому, кто занимался расчисткой или добычей камня.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Щебень добавили суффикс -ов, а затем женское окончание -а. Мужской вариант — Щебеньков. Фамилии на -ов типичны для русского ономастикона и указывают на принадлежность: «сын Щебеня» или «из семьи Щебеня». Интересно, что в некоторых говорах существовала форма «щебенка» — мелкий гравий, но фамилия Щебенькова, скорее всего, не связана с этим вариантом напрямую, а произошла именно от мужского прозвища.

В отличие от более распространённых фамилий с корнем «камен-» (Каменев, Каменский), Щебеньковых значительно меньше. Фамилия встречается в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской губерниях, где были развиты каменоломни и строительство из местного камня. Это косвенно подтверждает версию о связи с ремеслом: предки носителей фамилии могли быть каменотёсами, мостовщиками или добытчиками щебня.

Словарь русских фамилий Б. Унбегауна не выделяет Щебенькова в отдельную статью, но относит подобные образования к группе фамилий от прозвищ, связанных с физическими свойствами или материалом. Спорных версий у этой фамилии немного: иногда её пытаются связать с диалектным «щебень» в значении «болтун, пустомеля», но это менее вероятно, так как в большинстве говоров слово сохраняло именно «каменное» значение. Таким образом, Щебеньковы — потомки человека, которого в округе знали по его занятию или по крутому нраву, и фамилия эта, хоть и редкая, имеет под собой вполне конкретную бытовую основу.