Фамилия Щеголютин — редкий пример, где прозвище «переведено» в фамилию через суффикс, характерный для северных и сибирских говоров. Основа здесь — не имя и не профессия, а глагольная форма: «щеголютин» — тот, кто щеголяет, то есть любит наряжаться, ходить щёголем. Но суффикс -ут- (-ют-) в этой фамилии необычен. В русском языке он встречается в притяжательных прилагательных от имён на -ута (например, Холутин от Холута), но в основе Щеголютин лежит не имя, а прозвище Щеголь с экспрессивным суффиксом -юта. Щеголюта — так в северных и сибирских диалектах могли назвать человека, который слишком много внимания уделяет одежде, «форсит». Суффикс -юта придаёт слову оттенок пренебрежения или насмешки: не просто щёголь, а этакий щёголь-недотёпа.

Таким образом, цепочка образования выглядит так: щёголь → Щеголюта (прозвище) → Щеголютин (сын Щеголюты). По модели фамилия близка к таким, как Бормотухин, Воробутин, Шевелютин. Все они образованы от прозвищ с суффиксом -ут-/-ют-, которые в XVI–XVII веках активно бытовали в Поморье и на Урале. Фамилия Щеголютин, скорее всего, закрепилась именно в этих краях — в документах переписей Вологодской, Архангельской или Вятской губерний её можно встретить у крестьян и посадских людей.

Других версий происхождения, по сути, нет. Связывать фамилию с птицей щегол или с глаголом «щеголять» в прямом смысле (как с ремеслом) — натяжка. Щеголяние было не занятием, а манерой поведения, за которую и цеплялось прозвище. Социальный статус первых носителей — скорее всего, крестьяне или ремесленники, у которых яркая одежда была не столько возможностью, сколько поводом для насмешки.

В современной России фамилия остаётся редкой. Встречается в основном в старых деревнях Кировской и Пермской областей, а также в среде потомков переселенцев из этих мест. Написание через «ё» (Щёголютин) — вариант, но исторически правильнее «е», так как в основе было слово «щеголь», а не «щёголь».