Фамилия Щеколодкин образована от прозвища Щеколодка — так в быту называли засов, запорное устройство для двери. Слово «щеколда» известно в русских говорах с XV–XVI веков, а суффикс -к- в прозвище указывает на уменьшительно-пренебрежительный оттенок: Щеколодкой могли прозвать человека невысокого роста, сутулого или того, кто постоянно «запирался» — был нелюдимым, замкнутым. Впрочем, не исключён и профессиональный вариант: в некоторых регионах щеколдой называли не только дверной засов, но и деталь в ткацком станке или кузнечном деле, так что предок мог быть ремесленником, работающим с запорными механизмами.

Суффикс -ин в фамилии типичен для русского Севера и центральных областей — он присоединялся к основам на -а/-я. Щеколодкин буквально значит «сын Щеколодки». Аналогичная модель встречается в фамилиях Задвижкин, Крючкин — все они образованы от названий дверной фурнитуры. По данным переписей XVII–XVIII веков, носители этой фамилии чаще всего фиксировались в Вологодской и Архангельской губерниях, где слово «щеколда» было особенно употребительным.

В словаре русских фамилий Б. Унбегауна Щеколодкин не упомянут, но однокоренные Щеколдин и Щеколдов встречаются. Спорной выглядит версия, возводящая основу к тюркскому «чек» (граница, рубеж) — она не подтверждается ни географией фамилии, ни историей диалектов. Правдоподобнее считать фамилию чисто русской, бытовой, возникшей в среде крестьян и посадских людей: прозвище по предмету обихода — один из самых частых путей образования фамилий в допетровской Руси.

В XIX веке Щеколдкины встречаются в метрических книгах Ярославской и Костромской губерний, а также среди старообрядцев Ветлужского края. Известен случай, когда в 1897 году крестьянин деревни Щеколдино (Костромская губерния) записался как Щеколодкин — так фамилия могла закрепиться не от прозвища, а от названия места, что добавляет ещё один возможный путь происхождения.