Фамилия Щиколодкина — один из тех редких случаев, когда в основе лежит не имя, не профессия, а часть тела. Исходное слово — «щиколодка» (или «щиколотка»). В старину так называли не только выступающую косточку на ноге, но и вообще лодыжку, а в некоторых говорах — и саму ступню. Прозвище Щиколодка могли дать человеку с заметной, выпирающей костью, с хромотой или своеобразной походкой. Впрочем, не исключено, что прозвище было ироничным — так могли назвать низкорослого или щуплого человека, намекая на то, что он «не дорос» даже до нормальной щиколотки.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: сначала от прозвища Щиколодка образовалась форма Щиколодкин — с помощью притяжательного суффикса -ин, который указывал на принадлежность («чей?» — «Щиколодкин сын»). Затем появился и женский вариант Щиколодкина. Суффикс -ин характерен для северных и центральных областей России, но сама фамилия встречается крайне редко. В официальных справочниках и базах данных она почти не фиксируется, что говорит о её локальном, возможно, даже единичном происхождении.

Интересная деталь: в русских говорах слово «щиколодка» имело варианты «щиколотка», «щеколотка» и даже «щекоталка». Если предки носителя фамилии жили на юге или западе России, написание могло колебаться. Но фамилия Щиколодкина закрепилась именно в форме с «о» в корне и безударным «а» в суффиксе — что характерно для акающих говоров, где «о» и «а» в безударной позиции не различались на письме.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, насколько Щиколодкина уникальна. Есть фамилии Локтев, Ногтев, Пальцев — они встречаются чаще. А вот производные от «щиколодки» почти не встречаются в ономастических словарях. Это значит, что предки носителя фамилии, скорее всего, жили в небольшом селе или деревне, где прозвище было понятно всем соседям, но не распространилось за пределы этой местности.