Фамилия Щекота — редкий случай, когда прозвище перешло в наследственное имя практически без изменений, минуя типичные фамильные суффиксы. Она не оканчивается на -ов, -ин или -ский, а сохраняет форму, характерную для древнерусских прозвищ. Это сразу говорит нам, что перед нами — не искусственное образование XIX века, а, скорее всего, очень старое, возможно, даже допетровское именование.

Корень здесь прозрачный: глагол «щекотать». Но в исходном, древнерусском значении это не только «вызывать смех прикосновениями». «Щекотать» означало также «трещать, щебетать, издавать резкие звуки» — о сороке, соловье или даже о неумолчной болтовне человека. В. Даль в своём словаре фиксирует слово «щекотунья» как «болтунья, тараторка». Таким образом, Щекота — это прозвище человека с характерной речью: либо говорливого, либо обладателя высокого, «щебечущего» голоса.

Суффикс -а в конце фамилии — не уменьшительный, а скорее архаичный именной. В русской ономастике есть целый пласт фамилий, образованных от прозвищ на -а без дополнительных суффиксов: Весела, Гуля, Молча. Щекота стоит в этом же ряду. Такие фамилии чаще встречались на юге и западе России, а также в Беларуси и на Украине, где именные формы без патронимических суффиксов дольше сохранялись в быту.

Версия о происхождении от ремесла или профессии маловероятна. В отличие от Кузнеца или Плотника, «щекот» не был известным промыслом. Есть слабая гипотеза, что прозвище могло быть связано с человеком, который любил щекотать или дразнить, но она уступает по убедительности первой — звуковой. Человек получает прозвище по самому заметному признаку, и голосовая особенность — самый естественный кандидат.

Фамилия Щекота нечастая, но не исчезнувшая. Встречается в основном на территории бывшей Черниговской губернии и в Поволжье. Её носители — потомки не знатного рода, а свободных крестьян или казаков, у которых прозвища закреплялись в качестве фамилий без сословных формальностей.