Фамилия Щекоткина — яркий пример того, как в основе фамилии может лежать не профессия, не имя, а бытовое прозвище, данное за особенность поведения. Корень здесь — «щекотка» (ощущение от прикосновений, вызывающее смех). В старину прозвище Щекотка, Щекотун или Щекотливый мог получить человек, который был особенно чувствителен к щекотке, либо, наоборот, любил кого-то щекотать, дразнить. В переносном смысле «щекотливым» называли обидчивого, капризного человека, с которым нужно было обращаться осторожно, «щекотно».

Фамилия образовалась по стандартной русской модели: к основе прозвища (Щекотк-) добавился суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство: «чей сын?» — Щекоткин. Форма Щекоткина — женский вариант фамилии. Мужская форма — Щекоткин. Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а/-я, поэтому «Щекотка» дала именно Щекоткина, а не Щекотков.

Географически фамилия редкая, но встречается в центральных и северных областях России, где активно бытовали прозвища на -ка. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с таким прозвищем, что говорит о недворянском, простонародном происхождении. Важно не путать её с фамилией Щекотихин (от «щекотать» в значении «болтать» или «трещать») — у Щекоткиных корень именно в щекотке как физическом действии.

Есть и вторая, менее вероятная версия: в некоторых говорах «щекотка» — это не только действие, но и название птицы (возможно, синицы или трясогузки, хотя это спорно). В таком случае прозвище могло быть дано человеку, похожему на эту птицу поведением или внешностью. Однако первая версия — от физической или характерологической черты — считается основной в ономастике, так как она прямая и логичная.