Фамилия Щекова — женская форма фамилии Щеков, и разбирать её стоит через мужской вариант, как это обычно делается в русской ономастике. Основа фамилии — прозвище Щек. В древнерусском языке слово «щека» имело не только анатомическое значение, но и переносное: так могли назвать человека с заметной, возможно, припухлой или широкой щекой, либо того, кто имел привычку надувать щёки. В говорах закрепилось ироничное прозвище Щека для болтливого или хвастливого человека — отсюда и глагол «щекотать» в смысле «болтать без умолку».

Суффикс -ов указывает на типичную модель русской фамилии, образованной от прозвища или имени отца: Щек → Щеков — «сын Щека». Такая модель господствовала в центральной России и на севере, поэтому фамилия Щеков встречается повсеместно, но заметно чаще в Вологодской, Костромской и Архангельской областях — регионах, где сохранились древние прозвищные традиции.

Интересная деталь: фамилия Щеков не имеет ничего общего со словом «щеколда» или «щекастый» в современном бытовом смысле. В старинных писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именованием Щека — например, в Новгородских и Псковских землях. Это говорит о том, что прозвище было широко распространено среди простых сословий, а не дворянства.

Спорных версий происхождения немного. Иногда фамилию пытаются связать с тюркским корнем «чек» (мера, граница) или с глаголом «щекотать» в значении «щекотать», но это фонетически натянуто. Правдоподобнее всего — именно русское прозвище по внешности или характеру, тем более что однокоренные фамилии Щекин, Щекатуров, Щеколдин существуют и подтверждают ту же словообразовательную модель.

Таким образом, предки современных Щековых — люди, получившие прозвище от внешней приметы или манеры поведения. Фамилия не редкая, но и не массовая, и её носители могут с высокой вероятностью проследить корни в северных и центральных губерниях России.