Фамилия Щельникова — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, географический или топографический признак. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), мы получаем прозвище Щельник. Вероятнее всего, так называли человека, жившего в тесном, узком месте — в «щели», то есть в овраге, лощине или ущелье. В северных и сибирских говорах «щельник» — это не только расселина в скалах, но и глухой лесной овраг, поросший кустарником. Прозвище могло закрепиться за первопоселенцем, чей дом стоял в таком укромном распадке.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «щель» в значении «скупой, прижимистый человек» (от «щелиться» — жаться). Однако эта гипотеза слабее, так как прозвища по чертам характера с корнем «щел-» встречаются реже, чем топографические. Если смотреть по географии, то фамилия Щельниковы (и Щельниковы) тяготеет к Вятке, Пермскому краю и Уралу — регионам, где овраги и лесные лога — часть привычного ландшафта.

Суффикс -ов в фамилии Щельникова — классический для русских фамилий, образованных от прозвищ, не оканчивающихся на -а или -я. Он указывает на то, что родоначальника звали Щельник, а его потомки стали Щельниковыми. Интересно, что форма на -ин (Щельникин) была бы логичной, если бы основа оканчивалась на -а (Щельника), но здесь мы видим именно «овеческую» модель, что подтверждает мужской род исходного прозвища.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Щельникова напрямую связана с ландшафтом. Носитель такой фамилии мог быть потомком человека, который первым обжил неудобный, но защищённый от ветра участок в овраге. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с фамилией Щельников — например, в переписных книгах Соликамского уезда, что косвенно подтверждает «уральский» след. Других однокоренных фамилий, вроде Щелевых или Щельницыных, почти не сохранилось, что делает Щельниковых довольно обособленной группой.